Ở trẻ sơ sinh đẻ non, các bifidobacteria thấp còn entrerbacteria và clostridia cao do đó trẻ dễ mắc một số bệnh sớm, ví dụ như viêm ruột hoại tử (NEC) là do liên kết của các vi sinh vật gây hại, Klebsiella và E.coli. Trong quá trình cho con bú bằng sữa mẹ thì nó được miễn dịch luôn luôn được bảo vệ chống lại bệnh viêm ruột hoại tử , và trong các mô hình chuột bifidibacteria góp phần làm giảm nguy cơ mắc bệnh viêm ruột hoại tử. Trong mô hình chim cút, sử dụng chất tiền sinh và prebiotic làm giảm lassions caecal trong ruột, nhưng không có nghiên cứu ở người về tác dụng cống viêm ruột hoại tử khi dùng prebiotic. Các cơ thể động vật chỉ được nghiên cứu trong một chừng mực nào đó, do đó cần phải lưu ý những thay đổi trong các quần thể vi khuẩn, đặc biệt tăng 1lượng bifidobacteria lactobacilli. Có lẽ, có rất nhiều loại prebiotic có hữu ích trong việc phòng ngừa bệnh này chẳng hạn như các tác dụng kháng khuẩn và chứa năng bài tiết tăng lên.[1]
Nghiên cứu ở chuột cho thấy, chuột có chế độ ăn gồm oligosaccharides chiết xuất từ sữa dê có những cải thiện về triệu chứng bệnh so với chuột đối chứng. Inulin và oligofructose cũng được báo cáo là hiệu quả trong điều trị thiện bệnh viêm ruột (Inflammatory Bowel Disease IBD).[3]
Quá trình lên men cũng sản sinh ra khí hơi và nước có tác dụng làm cho phân mềm và xốp phòng chống táo bón, đồng thời tăng cường khả năng kháng vi khuẩn bằng cách giảm bớt số vi khuẩn nội sinh trong đường ruột qua việc đào thải phân mỗi ngày.[3]
