Các cơ chế chính xác của những thay đổi hình thái này xảy ra đến giờ vẫn chưa được biết đến, một sản phẩm chính của vi khuẩn trong quá trình lên men chuyển hóa carbohydrate trong ruột là butyrate, được biết là có tác động dinh dưỡng kích thích đến sự tăng sinh niêm mạc, trong khi lactic acid kích thích quá trình nguyên phân trong biểu mô chuột. Vì vậy có thể là SCFA chịu trách nhiệm cho những thay đổi thích ứng. Khái niệm này được hỗ trợ bởi thí nghiệm thực tế về những thay đổi dinh dưỡng không xảy ra trong prebiotic mà động vật sử dụng không có mầm bệnh và quá trình trao đổi chất của vi khuẩn chịu trách nhiệm để gây thay đổi cấu trúc lớn trong thành ruột.[1]
