Ngày càng có nhiều quan tâm trong việc điều chế các các prebiotics hệ miễn dịch, có thể đặc biệt hữu ích trong điều kiện viêm nhiễm, hoặc ở trẻ em và người già. Bằng chứng đến nay cho thấy prebiotics có thể có tác động đáng kể đến hệ thống miễn dịch. Tuy nhiên, kết quả không rõ nếu đây là những tác động trực tiếp hoặc gián tiếp từ sự kích thích miễn dịch, hoặc sản xuất SCFA, được biết là có tính chất điều hòa miễn dịch, và có thể liên kết với SCFA thụ thể protein G kết trên các tế bào miễn dịch trong ruột liên quan mô bạch huyết.[1]
Bổ sung FOS và lactulose trong chế độ ăn uống sẽ tăng sản xuất globulin miễn dịch niêm mạc, hạch bạch huyết mạc treo. Điều tra về tác động của prebiotics trên hệ thống miễn dịch đòi hỏi phải đánh giá cẩn thận về sự lựa chọn của các dấu hiệu, sẽ thay đổi, và phụ thuộc vào điều kiện nghiên cứu.[1]
Các nghiên cứu trên động vật đã chỉ ra rằng các con chuột được nuôi với FOS và Inulin có một cải thiện phản ứng với thuốc chủng salmonella. Sau 1 tuần tiêm chủng, nuôi cấy tế bào lách được hiển thị để gia tăng sản xuất các cytokine như INF-g, IL-12 và TNF-a cũng như salmonella cụ thể IgG, IgA. Nhìn chung, ý nghĩa là kết hợp FOS / Inulin vật chủ miễn dịch kích thích niêm mạc để sản xuất một phản ứng lớn hơn với vắc xin salmonella.[1]